Arrêt maladie long : l'indemnisation limitée à 1 an depuis le 15 octobre 2026

Ce que change le décret n° 2026-866

En principe, l'Assurance maladie verse au plus 360 indemnités journalières sur une période de trois ans. Pour les affections relevant de la procédure de l'article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale, une durée dérogatoire permettait jusqu'ici de verser les IJ pendant trois ans.

Le décret, qui réécrit l'article R. 323-1 du Code de la sécurité sociale, distingue désormais deux situations :

• affection de longue durée (ALD) « exonérante » (participation de l'assuré limitée ou supprimée au titre des 3° et 4° de l'article L. 160-14) : la durée maximale reste de trois ans ;
• affection relevant de l'article L. 324-1 sans exonération : la durée maximale passe à un an.

Pour ouvrir une nouvelle période d'indemnisation au titre de la même affection, l'assuré doit avoir repris le travail pendant au moins un an.

Qui est concerné, et à partir de quand ?

Le décret n° 2026-866 vise les salariés du régime général et du régime agricole, ainsi que les clercs et employés de notaire. Un second décret du même jour, le n° 2026-867, étend la règle aux travailleurs indépendants, aux ministres des cultes, ainsi qu'à certains fonctionnaires de l'État et magistrats.

Les nouvelles règles s'appliquent :

• aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 ;
• aux arrêts en cours à cette date, lorsque l'incapacité atteint six mois à compter du 15 octobre 2026.

Les assurés déjà reconnus au titre de l'article L. 324-1 sans exonération au 15 octobre 2026 restent soumis à l'ancien plafond de trois ans, jusqu'au terme de la période déjà ouverte.

Le même décret permet aussi de sanctionner l'assuré qui obtient la prescription d'un arrêt de travail non justifié par son état de santé. Cette mesure s'applique depuis le 19 septembre 2026.

Conséquences pour la paie et le maintien de salaire

Le complément de salaire légal versé par l'employeur (article L. 1226-1 du Code du travail) suppose que le salarié soit pris en charge par la Sécurité sociale. Lorsque les IJ cessent, le fondement de ce complément disparaît également. En pratique, le maintien légal, limité dans le temps selon l'ancienneté, est le plus souvent épuisé bien avant un an d'arrêt. L'enjeu se situe donc surtout du côté de la convention collective et de la prévoyance.

Points de contrôle pour le service paie :

• vérifier la date de fin d'indemnisation figurant sur les attestations de l'Assurance maladie ;
• en cas de subrogation, ajuster les écritures dès l'arrêt des IJ, pour ne pas avancer des sommes qui ne seront pas remboursées ;
• contrôler les signalements d'arrêt et de reprise transmis en DSN.

L'employeur n'a pas à connaître le statut ALD du salarié, qui relève du secret médical : il raisonne à partir des dates et des décomptes communiqués par la caisse.

Prévoyance : relire les contrats

De nombreux contrats de prévoyance collective versent des indemnités complémentaires « en relais » ou « en complément » des IJ de la Sécurité sociale. Si le contrat conditionne ses prestations au versement des IJ, la réforme peut réduire la durée de couverture. À l'inverse, certaines garanties prévoient une prise en charge propre, voire un passage en invalidité.

Il est donc recommandé de demander par écrit à l'organisme assureur comment il applique le nouveau plafond, et de vérifier les clauses de la convention collective applicable.

Le rôle du CSE

Le CSE n'a pas à connaître la situation médicale des salariés. Il peut en revanche jouer un rôle utile :

• information des salariés sur la nouvelle règle, en lien avec la direction ;
• examen du régime de prévoyance : lorsque l'employeur envisage de modifier un régime mis en place par décision unilatérale, le CSE doit en principe être informé et consulté ;
• prévention de la désinsertion professionnelle : visite de préreprise, aménagement de poste et retour progressif prennent plus d'importance lorsque la période indemnisée est plus courte.

Rappel : dès que la date de fin d'arrêt est connue, l'employeur saisit le service de prévention et de santé au travail pour organiser la visite de reprise (article R. 4624-31 du Code du travail).

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